I maj 2002 stängdes alla protestantiska kyrkor, som inte hade ansökt om registrering. En av de kristna som påverkades var pastor Gideon*.  

– Från den dagen har kristna upprepade gånger arresterats och blivit frisläppta. Ibland har de varit fängslade ett år, ibland en månad. Det här har pågått ända till i dag. Kristna fängslas, sedan släpps de, sedan fängslas de och sedan ´blir de frisläppta igen, av alla möjliga orsaker. Men den verkliga anledningen, att de tillber Kristus, anges aldrig som ett skäl. 

Processen att stänga ned kyrkorna påbörjades redan 1997. Då beordrade regeringen alla religiösa grupper utanför eritreansk-ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, den evangelisk-lutherska kyrkan och islam att registrera sig. Några grupper, bland annat presbyterianska kyrkan, metodistkyrkan och Baha’i, ansökte om registrering, men har hittills, över 20 år senare, inte fått något svar på den ansökan. Som anledning till att detta inte har kommit uppger regeringens talespersoner att registreringsprocessen har blivit nedprioriterad på grund av kriget mot Etiopien.  

Under 2001 startade en ungdomsväckelse inom den koptiska kyrkan i landet, genom söndagsskoleverksamheter som de unga själva startade. Det här blev ett problem både för den koptiska kyrkan och för regeringen, som båda ville se den koptiska kyrkan även fortsättningsvis som en av de godkända grupperna i landet. Det ledde till att en mob bestående av koptiska medlemmar attackerade ungdomsgrupperna i juli 2001. Byggnader som användes till söndagsskolorna förstördes och fler än 5000 biblar, som tillhörde ungdomsledarna, brändes upp. Knappt ett år senare, i maj 2002, stängdes alla kyrkor som inte ansökt om registrering hos religionsdepartementet 1997. 

Sedan 2002 har alla nya ansökningar fått avslag. Myndigheterna har gjort tillslag mot gudstjänster i hemmen och gripit kristna. Många av dem har torterats för att de har fortsatt med sin församlingsverksamhet. För de som fängslats väntar ett hårt liv, inte sällan möter de psykisk och fysisk tortyr för att avsäga sig sin tro. Det, i kombination med att fångarna ofta nekas medicinsk behandling, har lett till att minst ett 30-tal kristna har dött under sin tid i fängelse.  

Förföljelsen påverkar framför allt de oregistrerade kyrkorna, men är inte begränsad till dem. Även de statligt godkända kyrkorna känner av restriktioner och myndigheternas kontroll. 

*Namnet har ändrats av säkerhetsskäl.